Jean-François Fages

La biologie des systèmes est un courant de recherche multi-disciplinaire qui cherche à comprendre les processus biologiques complexes en terme des interactions biochimiques à l'échelle de la cellule. Pour l'informaticien, la difficulté n'est pas tant dans le nombre d'espèces moléculaires et de leurs interactions, que dans la nature non conventionnelle du calcul biochimique qui est concurrent, distribué, partiellement analogique, et opéré par des systèmes de réactions acquis par l'évolution. Le pari de voir les cellules comme des machines, et les systèmes de réactions biochimiques comme des programmes, lance de nouveaux défis à l'informatique fondamentale et ouvre de nouvelles perspectives en biologie et en médecine. Dans cet exposé nous présenterons quelques concepts clés de cette démarche, à plusieurs reprises inspirée de la programmation logique avec contraintes, et l'illustrerons par un succès obtenu pour l'élucidation de la dynamique complexe de certaines voies de signalisation cellulaire.

Christophe Lecoutre

Dans ce tutoriel, nous allons présenter une révision majeure du format XCSP 2.1, appelé XCSP3, permettant de construire des représentations intégrées de problèmes combinatoires sous contraintes. Ce nouveau format est capable de traiter l'optimisation mono et multi-critère, de nombreux types de variables, les fonctions de coût, la réification, les vues, les annotations, la quantification, le raisonnement distribué, probabiliste et qualitatif. Le nouveau format est rendu compact, très lisible, et plutôt facile à analyser. Fait intéressant, il saisit en partie la structure des modèles de problèmes, par les possibilités de déclarations de tableaux de variables, et d'identification de groupes syntaxiques et sémantiques de contraintes. Le nombre de contraintes est maintenue sous contrôle en introduisant un ensemble d'environ 40 formes de contraintes de base, et en produisant presque automatiquement certaines de leurs variations par des mécanismes de relaxation, de construction logique et de glissement. En conséquence, XCSP3 englobe pratiquement toutes les contraintes qui peuvent être trouvées dans les solveurs de contraintes reconnus développés par la communauté CP. Nous allons également présenter notre site Web, développé conjointement avec le format, qui contient de nombreuses séries d'instances de problèmes, et couplé avec un système de requêtes qui permet de sélectionner des instances à partir de critères très précis. Il fournit également un ensemble d'outils pour l'analyse et la vérification d'instances XCSP3. L'objectif avec XCSP3 est de faciliter le test et la comparaison de méthodes et d'algorithmes en fournissant un banc d'essai commun de problèmes combinatoirs sous contraintes.